Les origines possibles du coronavirus 2019-nCoV

Botao Xiao1,2* et Lei Xiao3

1 Laboratoire international commun de recherche en biologie et médecine synthétiques, École de biologie et de génie biologique, Université de technologie du Sud de la Chine, Guangzhou 510006, Chine

2 École de physique, Université des sciences et technologies de Huazhong, Wuhan 430074, Chine

3 Hôpital Tian You, Université des sciences et de la technologie de Wuhan, Wuhan 430064, Chine

Auteur correspondant : xiaob@scut.edu.cn

Tél / Fax : 86-20-3938-0631

Le coronavirus 2019-nCoV a provoqué une épidémie de 28 060 infections humaines confirmées en laboratoire, dont 564 décès en Chine au 6 février 2020. Deux descriptions du virus publiées sur Nature cette semaine ont indiqué que les séquences du génome des patients étaient identiques à 96 % ou 89 % au coronavirus de chauve-souris CoV ZC45 initialement trouvé dans Rhinolophus affinis 1,2. Il était essentiel d’étudier l’origine de l’agent pathogène et la manière dont il a été transmis à l’homme.

Un article publié sur The Lancet a rapporté que 41 personnes à Wuhan étaient atteintes du syndrome respiratoire aigu et que 27 d’entre elles avaient été en contact avec le marché des fruits de mer de Huanan 3. Le CoV 2019 a été trouvé dans 33 des 585 échantillons prélevés sur le marché après l’épidémie. Le marché a été soupçonné d’être à l’origine de l’épidémie et a été fermé selon la règle de la quarantaine à la source pendant une épidémie.

Les chauves-souris porteuses du CoV ZC45 ont été trouvées à l’origine dans le Yunnan ou la province du Zhejiang, deux provinces situées à plus de 900 kilomètres du marché des fruits de mer. Les chauves-souris vivaient normalement dans des grottes et des arbres. Mais le marché aux fruits de mer se trouve dans un district densément peuplé de Wuhan, une métropole de ~15 millions d’habitants. La probabilité que les chauves-souris se rendent au marché en avion était très faible. Selon les rapports municipaux et les témoignages de 31 résidents et 28 visiteurs, la chauve-souris n’a jamais été une source de nourriture dans la ville, et aucune chauve-souris n’a été échangée sur le marché. Il y avait une possibilité de recombinaison naturelle ou d’hôte intermédiaire du coronavirus, mais peu de preuves ont été rapportées.

Y avait-il une autre voie possible ? Nous avons passé au crible la zone autour du marché aux fruits de mer et avons identifié deux laboratoires menant des recherches sur le coronavirus des chauves-souris. A environ 280 mètres du marché, se trouvait le Centre de contrôle et de prévention des maladies de Wuhan (WHCDC) (Figure 1, d’après Baidu et Google maps).

Le WHCDC a accueilli des animaux dans des laboratoires à des fins de recherche, dont l’un était spécialisé dans la collecte et l’identification d’agents pathogènes 4- 6. Dans l’une de leurs études, 155 chauves-souris, dont Rhinolophus affinis, ont été capturées dans la province de Hubei, et d’autres 450 chauves-souris ont été capturées dans la province de Zhejiang 4. L’expert en matière de collecte a été mentionné dans les contributions des auteurs (JHT). De plus, il a été diffusé pour avoir collecté des virus sur des journaux et des sites web nationaux en 2017 et 2019 7,8. Il a décrit qu’il a été une fois attaqué par des chauves-souris et que le sang d’une chauve-souris lui a coulé sur la peau. Il connaissait le danger extrême de l’infection et s’est donc mis en quarantaine pendant 14 jours 7. Dans un autre accident, il s’est remis en quarantaine parce que des chauves-souris lui ont pissé dessus. Il a déjà été ravi d’avoir capturé une chauve-souris portant une tique vivante8.

Les animaux en cage ont été opérés et des échantillons de tissus ont été prélevés pour l’extraction et le séquençage de l’ADN et de l’ARN 4, 5. Les échantillons de tissus et les déchets contaminés ont été la source d’agents pathogènes. Ils se trouvaient à seulement ~280 mètres du marché des fruits de mer. Le WHCDC était également adjacent à l’Union Hospital (Figure 1, en bas) où le premier groupe de médecins a été infecté pendant cette épidémie. Il est plausible que le virus se soit répandu et que certains d’entre eux aient contaminé les premiers patients de cette épidémie, bien que des preuves solides soient nécessaires pour des études futures.

Le deuxième laboratoire était situé à environ 12 kilomètres du marché des fruits de mer et appartenait à l’Institut de virologie de Wuhan, Académie chinoise des sciences 1, 9, 10. Ce laboratoire a signalé que les chauves-souris en fer à cheval chinoises étaient des réservoirs naturels du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) qui a causé la pandémie de 2002-2003 9. Le chercheur principal a participé à un projet qui a généré un virus chimérique en utilisant le système de génétique inverse du SRAS-CoV, et a signalé le potentiel d’émergence humaine 10. Une hypothèse directe était que le CoV-SARS ou son dérivé s’est peut-être échappé du laboratoire.

En résumé, quelqu’un a été mêlé à l’évolution du coronavirus 2019-nCoV. En plus des origines de la recombinaison naturelle et de l’hôte intermédiaire, le coronavirus tueur provenait probablement d’un laboratoire de Wuhan. Le niveau de sécurité pourrait devoir être renforcé dans les laboratoires à haut risque biologique. Des réglementations peuvent être prises pour éloigner ces laboratoires du centre ville et d’autres lieux densément peuplés.

Remerciements

Ce travail est soutenu par la Fondation nationale des sciences naturelles de Chine (11772133, 11372116).

Déclaration d’intérêts

Tous les auteurs déclarent ne pas avoir d’intérêts concurrents.

Références

1. Zhou P, Yang X-L, Wang X-G, et al. Une épidémie de pneumonie associée à un nouveau coronavirus d’origine probable chez les chauves-souris. Nature 2020. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7.
2. Wu F, Zhao S, Yu B, et al. Un nouveau coronavirus associé à une maladie respiratoire humaine en Chine. Nature 2020. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3.
3. Huang C, Wang Y, Li X, et al. Caractéristiques cliniques des patients infectés par le nouveau coronavirus 2019 à Wuhan, Chine. The Lancet 2019. https://doi.org/10.1016/S0140– 6736(20)30183-5.
4. Guo WP, Lin XD, Wang W, et al. Phylogénie et origines des hantavirus hébergés par les chauves-souris, les insectivores et les rongeurs. PLoS pathogens 2013 ; 9(2) : e1003159.
5. Lu M, Tian JH, Yu B, Guo WP, Holmes EC, Zhang YZ. Grande diversité de bactéries rickettsiales chez les tiques de Wuhan, Chine. Tiques et maladies transmises par les tiques 2017 ; 8(4) : 574-80.
6. Shi M, Lin XD, Chen X, et al. L’histoire de l’évolution des virus à ARN de vertébrés. Nature 2018 ; 556(7700) : 197-202.
7. Tao P. Expert à Wuhan a collecté dix mille animaux : capturer des chauves-souris en montagne la nuit. Changjiang Times 2017.
8. Li QX, Zhanyao. Jouer avec les excréments d’éléphants, pêcher la boue des fonds marins : le travail qui va changer l’avenir de la Chine. thepaper 2019.
9. Ge XY, Li JL, Yang XL, et al. Isolation et caractérisation d’un coronavirus de type SRAS pour chauve-souris qui utilise le récepteur ACE2. Nature 2013 ; 503(7477) : 535-8.
10. Menachery VD, Yount BL, Jr, Debbink K, et al. Un groupe de coronavirus de chauve-souris en circulation, semblable à celui du SRAS, montre un potentiel d’émergence humaine. Nature medicine 2015 ; 21(12) : 1508-13.

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